一是審核對象不同。工程結算是對施工單位上報的結算進行審核,結算審計是對有能力或有資質的單位審核施工單位上報結算形成結果的審計。因此工程結算是初審,是直接與施工單位打交道;而結算審計是二審,是在負責結算的單位審核基礎上的審計,一般不需施工單位介入,需施工單位到場時也往往在最終交換意見階段。
二是風險不同。從審核結果看,施工單位上報的結算虛報程度超乎想象,一些項目的核減率在50%以上,審計風險大大增加;而結算審計審減率往往較低,審計風險較小。
三是方法與工作量不同。由于工程決算風險大,審計人員必須逐一核對、計算工程量,并審定價格,必要時需現場核實,才能防范風險;而工程審計則不同,對金額較小的清單細目比較一下或估算即可,不必一一計算。
四是復雜程度不同。由于工程結算面對的是施工單位,其在上報結算中可能存在漏項、少算等問題,而當多次交換意見后,施工單位可能補報變更或漏項等資料,本著公平的原則,只能接受這些經甲方、監理簽字的補報資料并再行審核,盡管施工單位事前已經對資料的真實性、完整性和準確性作出承諾,但從多次交換意見的結果看,這些承諾往往形同虛設。另一方面,當招投標、合同等結算依據出現問題時,常常導致結算無法進行,必須協調解決這些問題后再行結算;結算審計則不存在這些現象,因為這個過程已經在第一審中進行過了,審計部門不會再接受施工單位補報的任何資料,而當無法審計情況出現時,只要以不具備審計條件為由退回即可。復雜程度的不同導致了工程結算工作更具反復性和長期性。